ولد في الثامن من فبراير العام ١٩١٨م، بمدينة طنطا التابعة لمحافظ الغربية، كان والده مهندس في بلدية طنطا، ثم انتقل إلى مدينة المنصورة، حيث جده حسن الشافعي عمدة قرية كفر طه شبرا مركز قويسنا بالمنوفية، وجده لوالدته مصطفى العزيزي عمدة مدينة طنطا، التحق بمدرسة القديس لويس الفرنسية (الفرير) لمدة ثلاث سنوات، ثم انتقل إلى مدرسة القاصد الابتدائية في طنطا عام ١٩٢٦م، ثم مدرسة المنصورة الثانوية عام ١٩٣٤م.

 التحق الشافعي بالكلية الحربية عام ١٩٣٦م، وتعرف فيها على عبد المنعم رياض، جمال عبد الناصر، زكريا محيي الدين، أنور السادات، وسافر إلى إنجلترا لمدة ثلاثة أشهر قبيل تخرجه عام ١٩٣٨م، التحق بسلاح الفرسان وبقي فيه حتى قيام ثورة يوليو ١٩٥٢.

شارك الشافعي في حرب فلسطين عام ١٩٤٨م، وكان منتدبا في الإدارة العامة للجيش، حينما حوصرت القوات المصرية في الفالوجة، وكانت علاقة الشافعي، توسعت مع العديد من الضباط من خلال وجوده في إدارة الجيش، مسؤولاً عن الضباط وتنقلاتهم، وإثر نتائج الحرب، بدأ الشعور بالغليان يسود بين ضباط الجيش.

وفى شهر سبتمبر عام ١٩٥١م، كان عبدالناصر يمر على إدارة الجيش، والتقى الرجلان على السلم الخارجي، ولم يكن الشافعي، يعرف أن ناصر على رأس تنظيم الضباط الأحرار، وتحدث إليه عما آلت إليه الأحوال في مصر، أخذ عبدالناصر يسمع كلام الشافعي دون أي تعليق. وفي نفس اليوم، زار الشافعي ثروت عكاشة وعثمان فوزي وأبلغاه بمسؤوليته عن قيادة سلاح الفرسان، في يوم الثورة بمدرعاته، ودباباته.

أُنهى انتداب الشافعي في إدارة الجيش يوم العشرين من أكتوبر عام ١٩٥١م، وعاد بعدها لسلاح الفرسان، وبدأ في تجنيد الكثيرين لصالح الثورة، حيث تولى قيادة الكتيبة الأولى للمدرعات التي أطاحت بالملكية ليلة وفي الثالث والعشرين من يوليو عام ١٩٥٢م، وأصبح عضواً في مجلس قيادة الثورة، وكان عمره آنذاك ٣٤ عاما.

وفي أكتوبر عام ١٩٥٢م، التحق حسين بكلية أركان حرب، وحصل على ماجيستير في العلوم العسكرية عام ١٩٥٣م. وفي السابع عشر من ابريل عام ١٩٥٤م، شغل الشافعي منصب وزير الحربية في أول حكومة لجمال عبد الناصر، ثم عين وزيرا للشئون الاجتماعية عام ١٩٥٦م؛ فأدخل نظام التأمين الاجتماعي، معونة الشتا، قطار الرحمة. ثم تولى وزارة التخطيط.

شارك في مفاوضات الوحدة بين مصر وسوريا في فبراير من العام ١٩٥٨م، ثم عين وزيرا للأوقاف وشئون الأزهر وعضو الأمانة العامة للاتحاد الاشتراكي عام ١٩٦١م، أشرف على الجهاز المركزي للمحاسبات عام ١٩٦٥م، كما تولى رئاسة محكمة الثورة للضباط المنضمين إلى التمرد الذي قاده وزير الحربية المشير عبد الحكيم عامر بعد هزيمة يونيو عام ١٩٦٧م.

 اختاره عبد الناصر نائباً لرئيس الجمهورية عام ١٩٦٣م، واستمر في منصبه حتى عُين السادات نائباً أول للرئيس عام ١٩٦٩م، ثم اختاره السادات مع توليه رئاسة الجمهورية نائبا له عام ١٩٧٠م، واستمر في منصبه حتى عام ١٩٧٥م، وترك منصبه دون إقالة أو استقالة، اختفى من الحياة السياسية، حتى وافته المنية يوم الجمعة الموافق١٨ نوفمبر ٢٠٠٥م، عن عمر يناهز ٨٧ عاماً، إثر صراع مع المرض لشهرين.